Jednym z zadań wójtów, wymienionych w akcie lokacji Krakowa na prawie magdeburskim z 1257 roku, było zatrudnienie mierniczych, którzy wytyczyli w mieście regularne, prostokątne działki lokacyjne o wymiarach 36 x 72 łokcie krakowskie (1 łokieć = 58,3 cm). Działki lokacyjne stawały się następnie parcelami budowlanymi. Na takiej właśnie działce, nieco większej ze względu na położenie narożne przy rynku i ul. Szczepańskiej, została wybudowana kamienica mieszczańska „pod Krzysztofory”. Swą nazwę budynek zawdzięcza XIV - wiecznej rzeźbie, przedstawiającej św. Krzysztofa, umieszczonej na fasadzie kamienicy.
Najstarszą częścią budynku są piwnice, znajdujące się niegdyś na poziomie parteru kamienicy. Podczas niedawno ukończonego remontu piwnic, odkryto doskonale zachowane przedproża budynku, fragmenty polichromii oraz piec. Część przedproży została wybrukowana oryginalnym brukiem, pochodzącym z rynku krakowskiego, odkrytym podczas badań archeologicznych prowadzonych w ostatnich latach. Z wykopalisk pochodzą również prezentowane na wystawie przedmioty, stanowiące wyposażenie dawnej kamienicy mieszczańskiej i akcesoria należące do jej mieszkańców.
Z przekazów źródłowych wiemy, że od 1564 do 1655 roku, w kamienicy „pod Krzysztofory” znajdowała się apteka. Pierwszym znanym aptekarzem „krzysztoforskim” był Wojciech Piątek - Rzęczyca. W zbiorach Archiwum Państwowego w Krakowie zachował się inwentarz jego apteki, który również prezentujemy na wystawie.
W 1644 roku kamienica „pod Krzysztofory” została zakupiona przez Adama Kazanowskiego (1599-1649) i stała się rezydencją magnacką, nazywaną odtąd pałacem „Krzysztofory”. W 1681 roku, kolejni właściciele budynku - Wodziccy - połączyli trzy gotyckie kamienice i przebudowali pałac nadając mu obecny kształt.